Bioinformática para el análisis de secuencias genómicas

1. Fundamentos de bioinformática y recursos genómicos.
  1.1. Definición, evolución y áreas de aplicación.
  1.2. Importancia en investigación biomédica, biotecnología y genómica.
  1.3. Tipos de datos biológicos (ADN, ARN, proteínas).
2. Bases de datos genómicos.
  2.1. Bases de datos primarias y secundarias.
  2.2. Principales repositorios: GenBank, EMBL-EBI, Ensembl.
  2.3. Navegación, búsqueda y recuperación de información.

3. Manejo y obtención de secuencias biológicas.
  3.1. Formatos FASTA, GenBank y GFF.
  3.2. Estructura y anotación de archivos de secuencia.
4. Obtención y gestión de datos.
  4.1. Descarga de secuencias desde bases de datos.
  4.2. Filtrado y organización de datasets.
  4.3. Introducción a herramientas básicas (NCBI, UCSC Genome Browser).

5. Tecnologías de secuenciación y generación de datos.
  5.1. Secuenciación Sanger: fundamentos y limitaciones.
  5.2. Secuenciación de Nueva Generación (NGS): Principios, plataformas y aplicaciones.
  5.3. Flujo de trabajo en proyectos de secuenciación.
     5.3.1. Diseño experimental.
     5.3.2. Preparación de bibliotecas.
     5.3.3. Control de calidad (QC) y preprocesamiento de datos.
     5.3.4. Introducción al análisis de datos de secuenciación.

6. Análisis de secuencias y herramientas bioinformáticas.
  6.1. Búsqueda de similitud.
     6.1.1. BLAST: tipos, parámetros e interpretación.
  6.2. Alineamiento de secuencias.
     6.2.1. Alineamiento par a par y múltiple.
     6.2.2. Homología, identidad y similitud.
     6.2.3. Identificación de regiones conservadas.
  6.3. Simple Phylogenie para la construcción filogenética.
        6.3.1. Introducción a los métodos de construcción de árboles filogenéticos.
        6.3.2. Generalidades sobre la interpretación de árboles evolutivos.

7. Anotación y visualización de genomas.
  7.1. Identificación de ORFs (ORF Finder).
  7.2. Predicción génica (GenScan).
  7.3. Visualización de genomas y alineamientos.
8. Bioinformática aplicada.
  8.1. Genómica estructural y funcional.
  8.2. Análisis de variantes y mutaciones.
  8.3. Aplicaciones en salud, agricultura y medio ambiente.
9. Estudio de casos.
  9.1. Análisis de virus (ej. influenza o SARS-CoV-2).
  9.2. Relación entre mutaciones y función proteica.