Dinámica molecular de proteína-ligando

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Características

Modalidad

En línea

Duración

20 horas totales (15 horas en 5 sesiones y 5 horas extracurriculares)

Fechas

16, 23, 30 de noviembre, 7 y 14 de diciembre del 2024

Horario

10:00 AM a 1:00 PM. Hora de la Ciudad de México.

Diploma

Constancia con valor curricular por las horas impartidas.

Plataforma

Google Meet y Google Classroom

Sobre el curso

El objetivo del curso es:

Proporcionar a los participantes una comprensión sólida y habilidades prácticas en la Simulación de Dinámica Molecular de proteína-ligando, con el fin de predecir las interacciones moleculares, para el diseño de fármacos y la comprensión de mecanismos moleculares de reconocimiento y unión.

Dirigido a investigadores, académicos con maestría y/o doctorado, profesionales de la industria farmacéutica y biotecnológica con conocimientos básicos-intermedios sobre modelamiento y docking molecular.

Características

Que aprenderás

• Conocerás los principios básicos, la importancia y las aplicaciones de la simulación de dinámica molecular en el descubrimiento de fármacos.
• Aprenderás a preparar adecuadamente la proteína y ligando para el proceso de dinámica molecular.
• Aprenderás a preparar adecuadamente el sistema de simulación (solvatación, iones, minimización y equilibración) para realizar dinámica molecular.
• Realizarás simulaciones de dinámica molecular con el software de GROMACS.
• Analizarás y evaluarás las trayectorias de los resultados de simulación de dinámica molecular.

Módulos del curso

Ponente

Dr. en C. Edar Onam Pech Santiago

1. Fundamentos dinámica molecular.
2. Software y herramientas de simulación.
3. Preparación de las moléculas.
4. Solvatación e iones.
5. Minimización de energía.
6. Equilibración.
7. Simulación de dinámica molecular.
8. Análisis de trayectoria y simulación de dinámica molecular.

TEMARIO COMPLETO

Biólogo de la Universidad del Mar (UMAR), campus Puerto Escondido, posteriormente realizó sus estudios de Maestría y Doctorado en la especialidad de Genética y Biología Molecular en el Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN (CINVESTAV). Actualmente está realizando una estancia posdoctoral sobre transportadores ABC en G. duodenalis en el CINVESTAV, cuenta con dos artículos científicos publicados en revistas internacionales, además de un libro sobre análisis de datos. Sus estudios están enfocados en los mecanismos moleculares de resistencia en parásitos, así como diseño y reposicionamiento de fármacos contra blancos proteicos específicos.