PCR y diseño de Primers

1. Introducción a la PCR
   1.1. ¿Qué es la PCR?: Antecedentes y desarrollo de la metodología.
   1.2. Principio biológico de la PCR y su relación con el dogma central de la biología molecular.
   1.3. Fundamento de la PCR.
      1.3.1. Buffer.
      1.3.2. Primers o cebadores.
      1.3.3. Polimerasa.
      1.3.4. dNTPs.
      1.3.5. Cofactores.
      1.3.6. Templado de DNA.
      1.3.7. Sondas.
      1.3.8. Termociclador.
 
2. Mecanismo de la PCR y control del proceso
   2.1. Etapas de la amplificación y condiciones de reacción.
   2.2. Control preanalítico y control de calidad de los ácidos nucleicos.
   2.3. Protocolo general de trabajo para PCR.
       2.3.1. Ciclos y tiempos para PCR de punto final.
       2.3.2. Puntos críticos en el protocolo de PCR.
       2.3.3. Selección de consumibles y materiales.

3. Tipos y variaciones de la PCR
   3.1. Variaciones de la PCR estándar
      3.1.1.. Hot-start PCR
      3.1.2.. Inverse PCR
      3.1.3. Multiplex PCR
      3.1.4. Nested PCR
      3.1.5. Touchdown PCR
   3.2. PCR para Transcripción Reversa (RT-PCR)
   3.3. PCR en Tiempo Real o cuantitativa (qPCR)
   3.4. RT-PCR/qPCR combinada

4. Evaluación técnica de la PCR
   4.1. Ventajas y limitaciones de la técnica.
   4.2. Problemáticas más frecuentes durante la amplificación.
   4.3. Cofactores compatibles y su influencia en la reacción.
   4.4. Revisión de equipos de PCR y características técnicas relevantes.

5. Aplicaciones de la PCR en distintas áreas
   5.1. Genotipificación de variantes genéticas.
   5.2. Cuantificación de RNAs.
      5.2.1. Diseño de ensayos.
      5.2.2. Ensayos de uno y dos pasos.
      5.2.3. Recomendaciones para la purificación.
   5.3. Ensayos de tipificación.

6. Introducción al diseño de primers
   6.1. Características de los primers.
    6.2. Tipos de primers de acuerdo con su aplicación.
       6.2.1. Primers para PCR punto final y PCR cuantitativa qPCR.
       6.2.2. Primers para ligación por restricción.
       6.2.3. Primers para ligación de Gibson.
      6.2.4. Primers degenerados.

7. Diseño in silico de primers
   7.1. Criterios del diseño computacional de primers.

 7.2. Uso de software especializado para el diseño de primers.
   7.3. Evaluación de la temperatura de alineamiento (Tm).
   7.4. Análisis de estructuras secundarias y formación de dímeros.

8. Aplicaciones de la PCR en ensayos experimentales.
   8.1. Análisis de expresión génica y genotipificación molecular.
   8.2. Aplicaciones de la PCR en clonación y mutagénesis.
   8.3. Aplicaciones de la PCR en estudios epigenéticos y secuenciación.

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