Docking molecular

Mexicanos:

• PayPal.
• Mercado Pago.
• Tarjeta de débito / crédito.

Resto de Latinoamérica y otros países:

• Tarjeta de débito / crédito.
• PayPal.

Este curso es de acceso personal e intransferible. El acceso se habilita una vez confirmado el pago. Aceptamos distintos métodos de pago. Si necesitas factura, deberás solicitarla dentro del plazo establecido. El acceso al contenido tiene una vigencia definida. Consulta nuestras Políticas de compra completas para más detalles sobre métodos de pago, facturación, vigencia del acceso y soporte técnico.

1. Introducción al docking molecular.
  1.1. Papel del docking molecular dentro del flujo de trabajo bioinformático. 
  1.2. Principios básicos: afinidad de unión, complementariedad estérica y energética.
  1.3. Tipos de docking: Rígido, flexible, inducido por ajuste.
  1.4. Algoritmos de búsqueda y funciones de puntaje.
  1.5. Herramientas bioinformáticas para docking molecular proteína–ligando.
     1.5.1. AutoDock Vina.
     1.5.2. Chimera (preparación y visualización).
     1.5.3. DockThor, SwissDock y CB-Dock2 como herramientas complementarias.

2. Preparación de proteínas y ligandos para docking molecular.
  2.1. Obtención de estructuras de proteínas.
   2.1.1. Bases de datos de proteínas: Protein Data Bank (PDB) y NCBI Structure.
   2.1.2. Criterios para la selección y descarga de estructuras.
   2.1.3. Preparación de estructuras proteicas para docking molecular.
  2.2. Preparación de ligandos.
   2.2.1. Bases de datos de ligandos: ZINC20, PubChem y ChEMBL.
   2.2.2. Herramientas para la preparación de ligandos: Avogadro.
   2.2.3. Optimización de geometría y generación de conformaciones.
  2.3. Consideraciones previas al docking molecular.
   2.3.1. Preparación del receptor y del ligando.
   2.3.2. Definición de archivos de entrada.
   2.3.3. Factores que influyen en la calidad del docking molecular.

3. Configuración y ejecución del docking molecular.
  3.1. Configuración del docking molecular.
   3.1.1. Preparación de los archivos de entrada.
   3.1.2. Definición del sitio de acoplamiento.
   3.1.3. Parámetros básicos para la simulación.
  3.2. Ejecución del docking molecular.
     3.2.1. Flujo general mediante AutoDock Vina.
     3.2.2. Preparación y visualización de estructuras con Chimera.
  3.3. Criterios básicos para verificar la calidad de la simulación.
     3.3.1. Consistencia y repetibilidad de los resultados.
     3.3.2. Criterios generales para la evaluación del docking molecular.

  3.4. Análisis e interpretación de resultados.
      3.4.1. Selección de poses de acoplamiento.
   3.4.2. Interpretación de puntuaciones (scores) y su relación con la afinidad de interacción.
   3.4.3. RMSD como criterio de evaluación.
      3.4.4. Visualización de interacciones proteína–ligando.
            3.4.4.1. Hidrógeno, hidrofóbicas, π–stacking, salinas.
     3.4.5. Relación con datos experimentales (cristalografía, ensayos in vitro).

4. Aplicaciones del docking molecular.
  4.1. Introducción al cribado virtual.
   4.1.1. Concepto y flujo general del cribado virtual.
   4.1.2. Aplicaciones en investigación biomédica y biotecnológica.

  4.2. Herramientas para el cribado virtual.
   4.2.1. Servidores web y plataformas especializadas.
   4.2.2. Criterios generales para la selección de compuestos.
  4.3. Integración del docking molecular en proyectos de investigación
   4.3.1. Flujo de trabajo en estudios de interacción proteína–ligando.
   4.3.2. Interpretación de resultados como apoyo a la investigación.
  4.4. Panorama de metodologías bioinformáticas complementarias.
   4.4.1. Introducción a la dinámica molecular.
   4.4.2. Introducción a QSAR y 3D-QSAR.
   4.4.3. Introducción a la evaluación ADMET in silico.