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Docking molecular
Sesiones en vivo por Google Meet.
Posibilidad de opción asíncrono.
Acceso a la plataforma con los recursos didácticos.
Asesoría por parte del capacitador.
Constancia con valor curricular.
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Docking molecular
Resumen del curso
Modalidad
En línea (En vivo)
Constancia
Constancia con valor curricular por las horas impartidas.
Horario
9:30 AM a 12:00 PM Hora de la Ciudad de México
Fechas
22, 23, 29, 30 de agosto y 6 de septiembre de 2026
Duración
20 horas totales (12.5 horas en 5 sesiones y 7.5 horas extracurriculares)
Plataforma
Google Meet y Google Classroom
Sobre el curso
Comprender los fundamentos y el flujo de trabajo del docking molecular proteína–ligando, desde la preparación de proteínas y ligandos hasta el análisis de los resultados, para reconocer su aplicación como herramienta bioinformática en proyectos de investigación.
¿A quién va dirigido?
Dirigido a profesionales, investigadores y estudiantes de posgrado de las áreas de bioinformática, biología estructural, biología molecular, bioquímica, biotecnología y ciencias biomédicas, interesados en aplicar herramientas de docking molecular para el estudio de interacciones biomoleculares como apoyo a proyectos de investigación.
Temario
Sesión 1
+
1. Introducción al docking molecular.
1.1. Papel del docking molecular dentro del flujo de trabajo bioinformático.
1.2. Principios básicos: afinidad de unión, complementariedad estérica y energética.
1.3. Tipos de docking: Rígido, flexible, inducido por ajuste.
1.4. Algoritmos de búsqueda y funciones de puntaje.
1.5. Herramientas bioinformáticas para docking molecular proteína–ligando.
1.5.1. AutoDock Vina.
1.5.2. Chimera (preparación y visualización).
1.5.3. DockThor, SwissDock y CB-Dock2 como herramientas complementarias.
Sesión 2
+
2. Preparación de proteínas y ligandos para docking molecular.
2.1. Obtención de estructuras de proteínas.
2.1.1. Bases de datos de proteínas: Protein Data Bank (PDB) y NCBI Structure.
2.1.2. Criterios para la selección y descarga de estructuras.
2.1.3. Preparación de estructuras proteicas para docking molecular.
2.2. Preparación de ligandos.
2.2.1. Bases de datos de ligandos: ZINC20, PubChem y ChEMBL.
2.2.2. Herramientas para la preparación de ligandos: Avogadro.
2.2.3. Optimización de geometría y generación de conformaciones.
2.3. Consideraciones previas al docking molecular.
2.3.1. Preparación del receptor y del ligando.
2.3.2. Definición de archivos de entrada.
2.3.3. Factores que influyen en la calidad del docking molecular.
Sesión 3
+
3. Configuración y ejecución del docking molecular.
3.1. Configuración del docking molecular.
3.1.1. Preparación de los archivos de entrada.
3.1.2. Definición del sitio de acoplamiento.
3.1.3. Parámetros básicos para la simulación.
3.2. Ejecución del docking molecular.
3.2.1. Flujo general mediante AutoDock Vina.
3.2.2. Preparación y visualización de estructuras con Chimera.
3.3. Criterios básicos para verificar la calidad de la simulación.
3.3.1. Consistencia y repetibilidad de los resultados.
3.3.2. Criterios generales para la evaluación del docking molecular.
Sesión 4
+
3.4. Análisis e interpretación de resultados.
3.4.1. Selección de poses de acoplamiento.
3.4.2. Interpretación de puntuaciones (scores) y su relación con la afinidad de interacción.
3.4.3. RMSD como criterio de evaluación.
3.4.4. Visualización de interacciones proteína–ligando.
3.4.4.1. Hidrógeno, hidrofóbicas, π–stacking, salinas.
3.4.5. Relación con datos experimentales (cristalografía, ensayos in vitro).
4. Aplicaciones del docking molecular.
4.1. Introducción al cribado virtual.
4.1.1. Concepto y flujo general del cribado virtual.
4.1.2. Aplicaciones en investigación biomédica y biotecnológica.
Sesión 5
+
4.2. Herramientas para el cribado virtual.
4.2.1. Servidores web y plataformas especializadas.
4.2.2. Criterios generales para la selección de compuestos.
4.3. Integración del docking molecular en proyectos de investigación
4.3.1. Flujo de trabajo en estudios de interacción proteína–ligando.
4.3.2. Interpretación de resultados como apoyo a la investigación.
4.4. Panorama de metodologías bioinformáticas complementarias.
4.4.1. Introducción a la dinámica molecular.
4.4.2. Introducción a QSAR y 3D-QSAR.
4.4.3. Introducción a la evaluación ADMET in silico.
¿Qué aprenderás?
• Explicar los fundamentos, principios y aplicaciones del docking molecular, distinguiendo los principales tipos de acoplamiento y las herramientas bioinformáticas empleadas para el estudio de interacciones proteína–ligando.
• Identificar los criterios para la obtención y preparación de proteínas y ligandos, considerando las bases de datos, herramientas bioinformáticas y aspectos necesarios para la configuración de un estudio de docking molecular.
• Reconocer las etapas involucradas en la configuración, ejecución y verificación de un estudio de docking molecular mediante el uso de herramientas bioinformáticas especializadas.
• Analizar los resultados obtenidos en un estudio de docking molecular mediante la revisión de poses de acoplamiento, energías de unión, valores de RMSD e interacciones proteína–ligando, relacionándolos con información experimental.
• Relacionar el docking molecular con el cribado virtual y otras metodologías bioinformáticas complementarias, identificando su utilidad como apoyo en proyectos de investigación en biología molecular, biotecnología y áreas afines.
Capacitador (a)
Dra. en C. Lourdes Viridiana Soto Robles
Bióloga por la UNAM, con Maestría en Biotecnología (CINVESTAV) y Doctorado en Ciencias Químico-Biológicas (IPN). Con trayectoria en bioinformática aplicada, con experiencia docente a nivel posgrado en el CINVESTAV. Especialista en análisis de datos masivos de secuenciación, ensamblado y anotación de genomas y transcriptomas, análisis de expresión diferencial y modelado molecular. Maneja herramientas como BLAST, alineamientos, filogenias, docking molecular y Bash, integrando enfoques computacionales y moleculares en investigación.
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