Generación de árboles filogenéticos

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1. Introducción a la evolución molecular y filogenética.
1.1. Conceptos fundamentales de filogenética.
1.2. Evolución molecular.
1.2.1. Cambios en las secuencias.
1.2.2. Surgimiento de nuevos genes.
1.2.3. Introducción al concepto de reloj molecular.
 

2. Fundamentos para el análisis filogenético.
2.1. Homología y tipos de caracteres.
2.2. Marcadores moleculares.
2.3. Inferencia filogenética.
2.4. Principales métodos de reconstrucción filogenética.

3. Obtención y preparación de secuencias para el análisis filogenético.
3.1. Búsqueda de secuencias biológicas.
3.1.1. Bases de datos.
3.1.2. Formato FASTA.
3.2. Criterios para la selección de secuencias.
3.3. Obtención de secuencias mediante BLAST.
3.3.1. Ejercicio de búsqueda y obtención de secuencias.
3.4. Alineamiento de secuencias.
3.4.1. Tipos de alineamiento.
 

4. Modelos evolutivos: sustitución nucleotídica y aminoacídica.
4.1. Criterios generales para la selección de modelos.

5. Estrategias de reconstrucción filogenética.
5.1. Métodos basados en distancia: UPGMA, Neighbor-Joining y panorama general de Fitch-Margoliash.
5.2. Métodos basados en caracteres: Máxima Parsimonia.
5.3. Métodos probabilísticos: Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana.
5.4. Criterios generales para la selección del método de reconstrucción.
 

6. Evaluación e interpretación de árboles filogenéticos.
6.1. Medidas de soporte de ramas y nodos: Bootstrap y aLRT.
6.2. Interpretación de la topología y errores frecuentes.
6.3. Preparación del entorno de trabajo para el análisis filogenético.

7. Herramientas bioinformáticas para el análisis filogenético.
7.1. Herramientas para el alineamiento y revisión de secuencias.
7.1.1. MUSCLE y SeaView.
7.1.2. Panorama de herramientas complementarias para alineamiento.
7.2. Herramientas para la selección de modelos evolutivos.
7.2.1. jModelTest y ProtTest: aplicación según el tipo de secuencia.
7.3. Herramientas para la reconstrucción y visualización de árboles filogenéticos.
7.3.1. PhyML para reconstrucción filogenética.
7.3.2. FigTree para visualización de árboles.
7.3.3. Panorama de herramientas complementarias y especializadas.

8. Flujo de trabajo para el análisis filogenético.
8.1. Preparación y alineamiento de secuencias.
8.2. Selección del modelo evolutivo y método de reconstrucción.
8.3. Construcción del árbol filogenético.
8.4. Evaluación del soporte e interpretación del árbol.
8.5. Visualización y presentación de resultados.

9. Integración del análisis filogenético.
9.1. Interpretación biológica de árboles filogenéticos.
9.2. Interpretación de las medidas de soporte de ramas y nodos.
9.3. Resolución de un caso práctico integrador.
9.4. Principales aplicaciones de la filogenética en investigación y ciencias de la salud.